Η Μαρία Βαϊνά δίδαξε Σχολική Παιδαγωγική στο Πανεπιστήμιο Κρήτης, στη Σχολή Επιστημών της Αγωγής και σήμερα, μετά από μία σύντομη θητεία ως Σχολική Σύμβουλος Φιλολόγων στο Νομό Ευβοίας, διδάσκει Διδακτική Μεθοδολογία ως μόνιμη Καθηγήτρια Παιδαγωγικής στην Παιδαγωγική Τεχνική Σχολή Αθηνών της ΣΕΛΕΤΕ. Έχει ειδικευθεί στις εναλλακτικές μορφές διδασκαλίας στα πλαίσια μιας Μεταρρυθμιστικής Παιδαγωγικής, και σε θέματα Ιστορίας της Νεοελληνικής και Διεθνούς Εκπαίδευσης.