Η Αιμιλία Φάκου εργάζεται ως μέλος του Εργαστηριακού Διδακτικού Προσωπικού (ΕΔΙΠ) στο Τμήμα Εκπαίδευσης και Αγωγής στην Προσχολική Ηλικία με αντικείμενο την Κοινωνιολογία των Παιδαγωγικών Πρακτικών – Ποιοτικές μέθοδοι. Το επιστημονικό της έργο επιχειρεί τη σύνθεση της κοινωνιολογικής ανάλυσης με τις εκπαιδευτικές πρακτικές και εστιάζει στις κοινωνικές ανισότητες στην εκπαίδευση, στην κοινωνιολογική προσέγγιση της παιδικής ηλικίας και στις γεωγραφίες παιδιών και την αξιοποίηση πολυμεσικών εργαλείων, κυρίως της φωτογραφίας, στην κοινωνική έρευνα και την εκπαιδευτική πρακτική.