Ο Γιάννης Παπαδάτος γεννήθηκε στη Ζάκυνθο. Είναι πτυχιούχος της Ιατρικής Σχολής του Πανεπιστημίου Αθηνών. Εργάστηκε ως ερευνητής στο Πανεπιστήμιο Vanderbilt των ΗΠΑ με υποτροφία του Παγκόσμιου Οργανισμού Υγείας. Είναι νευρολόγος-ψυχίατρος, διδάκτωρ Ψυχιατρικής της Πανεπιστημιακής Κλινικής του ΕΚΠΑ. Διετέλεσε μέλος της διοικούσας επιτροπής του Ιονίου Πανεπιστημίου και μέλος της Συγκλήτου του Πανεπιστημίου Αθηνών. πρόεδρος και επιστημονικός διευθυντής του Ελληνικού Κέντρου Ψυχικής Υγιεινής και Ερευνών, ιδρύοντας σαράντα νέες υπηρεσίες πανελλαδικά. Επίσης, υπήρξε διευθυντής του Κέντρου Μελέτης Ψυχοφυσιολογίας και Εκπαίδευσης και διευθυντής του Μεταπτυχιακού Προγράμματος Ειδικής Αγωγής του ΕΚΠΑ.
Έχει ασχοληθεί επαγγελματικά με ατομική και ομαδική ψυχοθεραπεία και έχει ιδρύσει τρεις μονάδες ψυχοθεραπείας στο Ελληνικό Κέντρο Ψυχικής Υγιεινής (Αθήνα, Θεσσαλονίκη, Πάτρα). Διετέλεσε βουλευτής και πρόεδρος της Επιτροπής Μορφωτικών Υποθέσεων και μέλος της διακομματικής επιτροπής της Βουλής για την αντιμετώπιση των ναρκωτικών, γενικός διευθυντής του Ινστιτούτου Στρατηγικών Μελετών (ΙΣΤΑΜΕ), τακτικός καθηγητής Δικαστικής Ψυχολογίας και Ψυχιατρικής στην Ανώτατη Σχολή Αξιωματικών της Ελληνικής Αστυνομίας και ψυχιατρικός πραγματογνώμων της Εισαγγελίας Αθηνών.
Έχει τιμηθεί για την επιστημονική και πολιτική του δράση από το ΕΚΠΑ και από την κυβέρνηση της Βουλγαρίας με το Βραβείο Γκεόργκι Δημητρόφ. Υπήρξε εκδότης και διευθυντής του περιοδικού Σοσιαλιστική Θεωρία και Πράξη. Είναι συγγραφέας εννέα βιβλίων και έχει δημοσιεύσει περισσότερα από διακόσια επιστημονικά άρθρα σε διεθνή και ελληνικά περιοδικά. Προεδρεύει της επιστημονικής επιτροπής στα Πανελλήνια Συνέδρια Επιστημών Εκπαίδευσης και Ψυχοθεραπείας. Υπήρξε κύριος επιβλέπων σε είκοσι και πλέον διδακτορικές διατριβές στο πεδίο της Ψυχολογίας και της Ειδικής Αγωγής.
Είναι ομότιμος καθηγητής Ψυχοφυσιολογίας και Ψυχικής Υγιεινής και επιστημονικός και ακαδημαϊκός υπεύθυνος του Προγράμματος Ψυχοθεραπείας του Πανεπιστημίου Αθηνών.